Ý tưởng ban đầu của Deus Ex có nguồn gốc từ Warren Spector vào năm 1994 trong khi ông làm việc cho Origin Systems [42]. Quan niệm ban đầu của ông là những gì sẽ trở thành Deus Ex mang tên Troubleshooter [42]. Sau khi hoàn thành phát triển của System Shock, Spector bắt đầu mệt mỏi với chủ đề tưởng tượng và khoa học viễn tưởng và ông "got obsessed with this sort of millennial weirdness"[43] dẫn đến cốt truyện tập trung vào âm mưu của trò chơi. Ông tuyên bố trong tháng 4 năm 2007 với PC Zone:

I was a huge believer in the 'immersive simulation' game style, exemplified by games like Ultima Underworld, and I wanted to push the limits of that sort of game further. But I could never get the project off the ground at Origin or, later, at Looking Glass. (I think it was lack of interest at Origin/EA and it was mostly a lack of money at LG!) But then John Romero and Ion Storm came along and said, 'Make the game of your dreams. No limits.' It took me about two nanoseconds to say 'Yes!'[44]